Pokémon Smeraldo, a differenza di Pokémon Rubino e Zaffiro, fa incontrare e sfidare al giocarore entrambi i team (Team Magma e Team Idro) in diverse occasioni.
Bosco Petalo
Qui avviene il primo incontro con uno dei due team: una recluta del Team Idro intenzionata a rubare qualcosa a uno scienziato della Devon Spa. Dopo aver sconfitto la recluta, lo scienziato donerà al giocatore una Megaball per ringraziarlo.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Idro |  Poochyena (Lv. 9) |
Tunnel Menferro
Riecco una recluta del Team Idro. Ha rapito il Wingull del Sig. Marino come ostaggio per fuggire dopo aver rubato la Merce Devon, e sconfiggendola lo si potrà salvare e recuperare la refurtiva.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Idro | Poochyena (Lv. 11) |
Museo Oceanografico
Questa volta un gran numero di reclute del Team Idro sono presenti, e dopo averne sconfitte due apparirà il loro capo, Ivan, che avvertirà il giocatore di non intralciare i loro piani più di quanto non abbia già fatto per poi sparire insieme al resto delle reclute.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Idro |  Carvanha (Lv. 15) |
| Recluta Idro |  Zubat (Lv. 14)Carvanha (Lv. 14) |
Cascate Meteora
Il Team Magma, dopo aver ingannato il Prof. Cosmi, ha ottenuto un Meteorite e ha intenzione di portarlo sul Monte Camino per far progredire i loro piani.
Monte Camino
Varie reclute dei due team stanno lottando fra loro, e il giocatore deve cercare di raggiungere Max, capo del team Magma, per fermare il loro piano.
Prima di poterlo affrontare però, bisognerà affrontare uno dei tenenti del Team Magma, Ottavio.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Magmatenente Ottavio |  Numel (Lv. 18)Poochyena (Lv. 20)Numel (Lv. 22)Zubat (Lv. 22) |
| Capo Magma Max |  Mightyena (Lv. 24)Zubat (Lv. 24) Camerupt (Lv. 25) |
Istituto Meteo
Il Team Idro nel frattempo prenderà il controllo del luogo in questione, cercando informazioni sull’influenza del meteo sui Pokémon. Bisognerà sconfiggere quattro reclute prima di raggiungere uno dei tenenti del Team Idro per affrontarlo e costringerli ad andarsene.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Idro | Carvanha (Lv. 28) |
| Recluta Idro | Zubat (Lv. 27)Poochyena (Lv. 27) |
| Recluta Idro | Poochyena (Lv. 27)Carvanha (Lv. 27) |
| Recluta Idro | Poochyena (Lv. 26)Zubat (lv. 26)Carvanha (Lv. 26) |
| Idrotenente Ada | Carvanha (Lv. 28)Mightyena (Lv. 28) |
Monte Pira
Entrambi i Team quindi si recheranno qui per rubare una delle due Sfere per poter risvegliare uno dei due Pokémon Leggendari, e il giocatore cercherà di fermarli, senza successo.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Magma | Zubat (Lv. 30)Zubat (Lv. 30)Zubat (Lv. 30) |
| Recluta Magma | Poochyena (Lv. 31)Numel (Lv. 31) |
| Recluta Magma | Numel (Lv. 31)Numel (Lv. 31) |
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Recluta Idro | Carvanha (Lv. 32) |
| Recluta Idro | Zubat (Lv. 32) |
| Recluta Idro | Poochyena (Lv. 30)Carvanha (Lv. 30) |
| Recluta Idro |  Wailmer (Lv. 30)Zubat (Lv. 30) |
Rifugio Idro
Il Team ruberà il sottomarino del Capitano Remo, e si dirigeranno verso il loro Rifugio.
Bisognerà quindi infiltrasi per poter fermare i loro piani, ma purtroppo il giocatore sarà fermato da uno dei tenenti che dopo essere stato sconfitto lo avviserà che Ivan è già partito col sottomarino verso il luogo dov’è addormentato Kyogre.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Idrotenente Alan | Mightyena (lv. 34) Sharpedo (lv. 34) |
Rifugio Magma
Contemporaneamente, il Team Magma starà cercando di risvegliare Groudon dal loro rifugio. Bisognerà cercare quindi di fermarli affrontandoli.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Magmatenente Ottavio | Numel (Lv. 26)Mightyena (Lv. 28)Zubat (Lv. 30)Camerupt (Lv. 33) |
| Capomagma Max | Mightyena (Lv. 37) Crobat (Lv. 38)Camerupt (Lv. 39) |
Antro Abissale
Bisognerà quindi raggiungere l’Antro prima che Kyogre venga risvegliato con successo, fino alla sfida finale contro Ivan.
| Avversario | Pokémon |
|---|---|
| Idrotenente Ada | Sharpedo (lv. 37)Mightyena (Lv. 37) |
| Capoidro Ivan | Mightyena (Lv. 41)Crobat (Lv. 41)Sharpedo (Lv. 43) |