In Pokémon Smeraldo è possibile ottenere i Pokémon iniziali di Johto.
È possibile ottenerli una volta completato il Pokédex Nazionale di Hoenn, parlando con il Professor Birch.
I Pokémon iniziali di Johto sono: Chikorita, Cyndaquil e Totodile.
| Pokémon | Tipo |
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Chikorita  |
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| Pokémon | Tipo |
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Cydanquil  |
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| Pokémon | Tipo |
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Totodile  |
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Sarà possibile ottenere solamente uno fra i tre Pokémon iniziali di Johto.