Come in ogni coppia di giochi della serie principale, anche per Pokémon Rubino Omega e Zaffiro Alpha si può parlare di Pokémon esclusivi, presenti cioè unicamente in una delle due versioni. Per ottenerli è dunque necessario fare scambi, usare la GTS o il trasferimento da generazioni più vecchie.
Esclusivi di Pokémon Rubino Omega
| #N | Immagine | Nome | Tipo |
|---|---|---|---|
| #140 |  |
Kabuto
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #141 |  |
Kabutops
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #250 |  |
Ho-Oh |   |
| #273 |  |
Seedot |  |
| #274 |  |
Nuzleaf |  |
| #275 |  |
Shiftry | |
| #303 |  |
Mawile |   |
| #335 |  |
Zangoose |  |
| #338 |  |
Solrock |  |
| #383 |  |
Groudon |  |
| #410 |  |
Shieldon
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #411 |  |
Bastiodon
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #422 |  |
Shellos
Shellos è presente in entrambe le versioni ma la forma Mare Ovest può essere catturata solo in Pokémon Rubino Omega |
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| #423 |  |
Gastrodon Mare Ovest
Gastrodon è presente in entrambe le versioni ma la forma Mare Ovest può essere catturata solo in Pokémon Rubino Omega |
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| #484 |  |
Palkia |  |
| #538 |  |
Throh |  |
| #566 |  |
Archen
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #567 |  |
Archeops
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #641 |  |
Tornadus | |
| #643 |  |
Reshiram | |
| #690 |  |
Skrelp |  |
| #691 |  |
Dragalge | |
Esclusivi di Pokémon Zaffiro Alpha
| #N | Immagine | Nome | Tipo |
|---|---|---|---|
| #138 |  |
Omanyte
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #139 |  |
Omastar
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #249 |  |
Lugia | |
| #270 |  |
Lotad | |
| #271 |  |
Lombre | |
| #272 |  |
Ludicolo | |
| #302 |  |
Sableye |  |
| #336 |  |
Seviper | |
| #337 |  |
Lunatone | |
| #382 |  |
Kyogre | |
| #408 |  |
Cranidos
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #409 |  |
Rampardos
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #422 |  |
Shellos
Shellos è presente in entrambe le versioni ma la forma Mare Est può essere catturata solo in Pokémon Rubino Omega |
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| #423 |  |
Gastrodon
Gastrodon è presente in entrambe le versioni ma la forma Mare Est può essere catturata solo in Pokémon Rubino Omega |
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| #483 |  |
Dialga | |
| #539 |  |
Sawk | |
| #564 |  |
Tirtouga
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #565 |  |
Carracosta
Il Fossile è presente solo in Pokémon Rubino Omega ma, se scambiato, il Pokémon risulta ottenibile anche nell’altra versione |
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| #642 |  |
Thundurus |  |
| #644 |  |
Zekrom | |
| #692 |  |
Clauncher | |
| #693 |  |
Clawitzer | |