In Pokémon Super Mystery Dungeon sono presenti sia negozi totalmente nuovi, sia negozi già presenti nei vecchi titoli Mystery Dungeon.
Magazzini Kecleon
Nei Magazzini Kecleon potranno essere comprati e venduti vari strumenti. Qui, inoltre, potranno essere comprati i Pass per usufruire di Lapras.
A Tutta Lotta
Grazie a questo negozio, gestito da Hawlucha, i Pokémon potranno dimenticare alcune mosse o ricordarne di nuove. Inoltre, i Pokémon potranno cambiare abilità.
Oro ti Adoro
Con questa struttura il giocatore potrà scambiare i propri Lingotti con soldi o strumenti donati dal gestore Cofagrigus.
Apriti Sesamo
In questo negozio Klefki potrà aprire i Forzieri trovati nei dungeon.
Caffè Giramondo
Nel Caffè Giramondo il giocatore potrà ritirare le ricompense ricevute a seguito delle missioni. Inoltre, qui vi saranno Pokémon che affideranno missioni al team o che vorranno chiacchierare col leader, entrando successivamente in squadra.
Filma e impara col cinema Meowth
Grazie a questa struttura gestita da Meowth, il giocatore potrà esplorare dungeon particolarmente impegnativi. L’esplorazione potrà essere filmata e condivisa con i propri amici.