Pokémon XD: Tempesta Oscura presenta due potagonisti, Micheal e Jovi:
Michele
Micheal, o Michele nella versione italiana, è il protagonista del gioco. Quest’ultimo decide di rubare la macchina Cleptatrice per purificare i Pokémon Ombra sottraendoli dai loro allenatori malvagi e riportando quindi la pace nella regione di Auros. Affronterà un viaggio per tutta la regione con il suo fedele Eevee donatogli dal padre defunto. Sarà anche munito di uno speciale strumento tecnologico che gli permetterà di scoprire i Pokémon Ombra. Il suo scopo è quello di sconfiggere Cripto, il quale sta pianificando la costruzione di un’armata di Pokémon Ombra in grado di conquistare il mondo.
Giovi
Jovi è la sorella di Micheal, e nella versione italiana verrà chiamata “Giovi”. Accompagnerà il fratello nel suo tentativo di salvare la regione di Auros. I suoi Pokémon sono un Minun ed un Plusle chamati rispettivamente: Mimi e Pluplu.