Il Laboratorio del Prof. Oak, già presente in Pokémon Stadium, torna in Pokémon Stadium 2 con qualche funzione in più rispetto al predecessore.
PC
La prima opzione del PC è la Lista, che permette di visualizzare caratteristiche quali livello, mosse, statistiche, livello e felicità dei Pokémon contenuti sia nei Box delle cartucce che in quelli di Pokémon Stadium 2;
La seconda opzione dà la possibilità di visualizzare i Pokémon, spostarli fra i Box e riordinarne le mosse;
La terza opzione è utile per spostare interi Box di Pokémon fra i Box delle cartucce e quelli di Pokémon Stadium 2;
La quarta opzione consente di spostare Strumenti fra Zaino e PC Strumenti delle cartucce e Box Strumenti di Pokémon Stadium 2. Gli Strumenti dei videogiochi di prima generazione vengono depositati nel Color Case, mentre quelli di seconda generazione vengono depositati nel Metal Case.
L’ultima opzione è quella che permette di controllare le mail, depositarle nel Box Mail ed assegnarle ai Pokémon.
Scambia Pokémon
Una delle apparecchiature del Laboratorio consente di trasferire Pokémon fra due cartucce mediante il Transfer Pak (una periferica per console Nintendo 64), evitando quindi di usare il Cavo Game Link. I giochi in questione possono appartenere a generazioni differenti, tuttavia è necessario che i Pokémon:
- non abbiano un numero identificativo compreso fra 152 (Chikorita) e 251 (Celebi);
- non conoscano mosse esclusive di Pokémon Versione Oro, Argento e Cristallo;
- non abbiano Mail con sé
- non siano Uova
Cambia gioco
Cambia Gioco dà la possibilità di scegliere quale videogioco usare nel Laboratorio e di effettuare scambi fra Box di cartucce diverse.
Pokédex
La funzione Pokédex permette di controllare sprite 3D, informazioni, locazioni ed ipotetici livelli dei Pokémon registrati nel proprio Pokédex. Il giocatore può anche sovrapporre la mappa dei videogiochi di prima e seconda generazione a quella di Pokémon Stadium 2.
Ricevi premi
Quando il giocatore entra nel Laboratorio è possibile che il Professor Oak doni un Pokémon od uno Strumento trasferibile alle cartucce.