I Pokémon Signs sono dei fenomeni naturali che si manifestano sulle varie isole. Il Professor Oak darà al giocatore il compito di fotografare questi sei fenomeni naturali per includerli nelle sue ricerche.
| Pokémon Sign | Immagine | Isola Pokémon | Descrizione |
|---|---|---|---|
| Kingler Rock |  |
Beach | All’inizio del livello, il giocatore dovrà girare la sua macchina fotografica nella zona costiera. Tra le varie rocce formatesi ce ne sarà una che sembra un Kingler. |
| Pinsir’s Shadow |  |
Tunnel | Una volta lasciato andar via Zapdos, sul muro apparirà un’ombra a forma di Pinsir prodotta dai fulmini del Pokémon leggendario. |
| Koffing Gas |  |
Volcano | All’inizio del livello ci sarà un vulcano che emette fumo viola. Lanciando una Pester Ball sulla voluta di fumo essa prenderà le sembianze di un Koffing. |
| Cubone Tree |  |
River | A metà livello ci sarà un Vileplume addormentato che emette un gas velenoso. Svegliandolo col Pokéflauto, Vileplume smetterà di emettere il gas e il giocatore potrà scattare una foto all’albero a forma di Cubone alle sue spalle. |
| Mewtwo Constellation |  |
Cave | Verso la metà del livello, quando c’è un Koffing che prova a cacciare dei Jigglypuff, nello specchio d’acqua ci saranno molte rocce scintillanti. Fotografandole, quando sviluppate, mostreranno questa particolare costellazione. |
| Mt. Dugtrio |  |
Valley | Proprio all’inizio del livello, di fronte, c’è una montagna a forma di Dugtrio. |
Una volta fotografati tutti i Pokémon Sign, il Professor Oak dirà al giocatore che è stata scoperta una nuova area chiamata Rainbow Cloud. In quest’area sarà possibile fotografare il Pokémon più raro di tutti: Mew.