La modalità Sfida è una delle sei modalità giocabili in Pokémon Puzzle Challenge.
Presenta una trama simile a quella di Pokémon Versione Oro e Pokémon Versione Argento, dove un Allenatore viaggia per tutta la regione di Johto e sfida gli otto Capipalestra.
In questa modalità è possibile ridurre i Punti Salute del Pokémon nemico tramite combo, catene e blocchi sorpresa (!), mentre gli avversari contrattaccano solo di tanto in tanto.
L’unico modo per sbloccare nuovi Allenatori è totalizzare un determinato numero di combo. Una volta sconfitti, questi Allenatori offriranno al giocatore il loro mostriciattolo.
Ci sono cinque livelli di difficoltà: Facile, Normale, Difficile, Molto difficile ed Intenso.
| Pokémon | Capopalestra | Livelli di difficoltà |
|---|---|---|
 Pidgey |
 Valerio |
Facile, Normale, Difficile, Molto difficile, Intensa |
 Kakuna |
 Raffaello |
Facile, Normale, Difficile, Molto difficile, Intensa |
 Clefairy |
 Chiara |
Facile, Normale, Difficile, Molto difficile, Intensa |
 Gastly |
 Angelo |
Facile, Normale, Difficile, Molto difficile, Intensa |
 Mankey |
 Furio |
Facile, Normale, Difficile, Molto difficile, Intensa |
 Steelix |
 Jasmine |
Facile, Normale, Difficile, Molto difficile, Intensa |
 Seel |
 Alfredo |
Facile, Normale, Difficile, Molto difficile, Intensa |
 Dragonair |
 Sandra |
Facile, Normale, Difficile, Molto difficile, Intensa |
 Jynx |
 Pino |
Normale, Difficile, Molto Difficile, Intensa |
 Crobat |
 Koga |
Normale, Difficile, Molto Difficile, Intensa |
 Hitmontop |
 Bruno |
Normale, Difficile, Molto Difficile, Intensa |
 Murkrow |
 Karen |
Normale, Difficile, Molto Difficile, Intensa |
 Dragonite |
Lance | Difficile, Molto Difficile, Intensa |