Per accedere al Pokémon Market bisogna mandare la Poké Ball in appositi edifici dei due tabelloni.
La grafica dei Pokémon Market si differenzia a seconda del Flipper Rubino (prima immagine) o del Flipper Zaffiro (seconda immagine). Per accedere al Pokémon Market del Tavolo Rubino occorre colpire la porta in modo da aprirla e lanciare la pallina al suo interno. Nel Tavolo Zaffiro sarà nesessario premere i bottoni sulle postazioni di Plusle e Minun al fine di disattivare il campo elettrico che blocca l’entrata.
Le monete guadagnate nel corso della partita possono essere utilizzate all’interno del Pokémon Market per acquistare potenziamenti e agevolazioni. Di seguito è possibile trovare una tabella con ciò che si può comprare nei negozi:
| Agevolazione o potenziamento | Prezzo in monete | Descrizione |
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La palla viene salvata da Latios o Latias per 30 secondi. |
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La palla viene salvata da Latios o Latias per 60 secondi. |
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La palla viene salvata da Latios o Latias per 90 secondi. |
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La palla passerà allo stato di miglioria successivo. |
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Il tempo di una qualsiasi modalità durerà 30 secondi in più. |
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Pichu e Pikachu saranno perennemente attivi ai lati del campo fino alla perdita della palla. |
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Permette l’accesso al livello bonus di Spheal (Tavolo Rubino). |
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Permette l’accesso al livello bonus di Spheal (Tavolo Zaffiro). |
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Si ottiene una pallina in più da utilizzare. |