Le Rovine d’Alfa si trovano nella regione di Johto, con l’entrata situata a sud-ovest di Violapoli. Una volta completati i quattro puzzle, esse si riempiranno di Unown.
Vicino alle rovine si trova un’abitazione, nel quale ci sono vari scienziati. Loro affermano che esse sono più di quel che sembrano e i puzzle all’interno delle caverne hanno a che fare con il mistero del passato delle Rovine d’Alfa. Un’entrata segreta in una parte delle rovine è presente vicino a Violapoli, essa porta ad una zona d’erba con Natu e Smeargle. Nel caso il giocatore abbia Arceus in squadra, verrà dato accesso alle Rovine Sinjoh dove si potrà scegliere tra un Dialga, Palkia o Giratina di livello 1. Sui muri delle stanze con i puzzle ci sono dei graffiti, in caso vengano eseguite le istruzioni si apriranno dei passaggi per alcune stanze nascoste, dove si potranno trovare oggetti e informazioni sugli Unown.
Le stanze
Nella prima stanza il puzzle da completare è un Kabuto e i graffiti recitano “Fuga“. Se si utilizza una Fune di Fuga davanti a questi ultimi (lo strumento non si consumerà), si formerà un buco che permetterà l’accesso a una stanza nascosta. Essa contiene: Polvocura, Polvenergia, Baccarancia e Baccapesca.
Nella seconda stanza il puzzle è un Aerodactyl e i graffiti recitano “Luce“, è accessibile solo tramite Surf. Per accedere alla stanza bisogna usare Flash davanti alle incisioni. Gli strumenti in essa sono: Polvocura, Pietralunare, Radicenergia e Baccacedro.
Nella terza stanza il puzzle raffigura Omanyte, l’incisione sulla parete è “Acqua” ed è accessibile tramite la Grotta di Mezzo. È necessario avere una Pietraidrica nello zaino e selezionare “Usa” davanti alle incisioni. La stanza contiene: Pezzo Stella, Polvostella, Acqua Magica e Baccamela.
Il Pokémon raffigurato nella quarta stanza è Ho-Oh, i graffiti recitano “Fenice” ed è accessibile anch’essa tramite la Grotta di Mezzo. Per aprire quest’ultima stanza è necessario avere Ho-Oh in squadra, e gli strumenti contenuti in essa sono: Vitalerba, Carbonella, Baccamela e Assorbisfera.