In Pokémon Card GB2: Here Comes Team GR! è possibile usufruire della modalità multigiocatore, utilizzando la modalità infrarossi del Game Boy Color oppure un Cavo Game Link. Il gioco non può comunicare con Pokémon Trading Card Game, mente la sua versione rilasciata per Virtual Console non possiede alcuna funzionalità online.
Card Pop!
Card Pop! è un sistema che permette di giocare in modalità uno contro uno. Nel corso della partita verranno assegnate carte random a ciascun giocatore, tra cui anche le Phantom Card (Lugia e Here Come Team Rocket!). Tale modalità non funzionerà né con più di due giocatori né con Pokémon Trading Card Game; se si dovesse provare a connettere le due versioni il gioco potrebbe subire crash e la cancellazione dei dati di salvataggio.