Terminata la collezione delle otto medaglie, arriva il momento per Rosso di sfidare i Superquattro e il Campione della Lega Pokémon per dimostrare il suo valore come Allenatore. Sconfitti i quattro allenatori fortissimi, ad attenderlo per l’ultima sfida è l’attuale Campione: Blu. Sbalordito, il rivale non crede che Rosso sia stato realmente in grado di arrivare fino a quel punto. La lotta ha tuttavia inizio e, dopo una meravigliosa sfida ricca di colpi di scena, Rosso riesce a conquistare la vittoria. A raggiungere il nuovo Campione e Blu è il Professor Oak, il quale accompagna Rosso nella Sala d’Onore dove imprimerà per sempre le sue gesta e l’ottenimento del nuovo titolo.
Passato un po’ di tempo, Rosso decide di continuare la sua raccolta di Pokémon per il completamento del Pokédex catturando anche i tre uccelli leggendari Moltres, Zapdos e Articuno. Catturato l’ultimo, il Campione può finalmente ritornare a Biancavilla e mostrare il completamento al Professore. Ad attenderlo però, c’è una spiacevole sorpresa: Blu è stato sconfitto da un Pokémon incredibilmente forte chiamato Mewtwo. Rosso ora è deciso a vendicare il suo amico e ottenere il vero e effettivo “ultimo Pokémon”. L’Allenatore effettua gli ultimi preparativi e prima di andare, mostra al vecchio Oak le due pietre ottenute da Mr.Fuji. Il professore non conosce esattamente i poteri delle due pietre, ma spiega a Rosso che se terrà con sé la più piccola e darà a Charizard la più grande una nuova energia potrebbe liberarsi. Arrivati al cospetto di Mewtwo, Rosso sembra avere inizialmente la peggio, ma una misteriosa energia lo pervade e il suo Pokémon compie incredibilmente una nuova e misteriosa evoluzione chiamata megaevoluzione. Grazie al nuovo potere di Charizard, Rosso riesce a catturare Mewtwo e il suo Pokédex è – apparentemente – completo. Subito, però, sorge un altro piccolo problema: Mewtwo è il figlio di Mew, un Pokémon che Rosso non ha né visto né catturato.
Nell’epilogo, il Professor Oak fa i complimenti a Rosso e Blu per l’incredibile lavoro che i due giovani hanno svolto col Pokédex. La testa di Rosso, tuttavia, è altrove: egli è infatti deciso a cercare e catturare il leggendario Mew, visibile dalla finestra alle spalle dell’Allenatore.
