Sconfitta la Capopalestra Erika e il Capopalestra Koga, Rosso e Blu si ritrovano in compagnia di una ragazza che è riuscita a scappare dalle grinfie del Team Rocket che tiene prigioniero il padre per incrementare notevolmente le ricerche sulla Master Ball. La ragazza racconta che, per effettuare le operazioni di ricerca, il Team Rocket fa eseguire anche esperimenti sui Pokémon causando loro gravi danni. Spinto dall’ira, Rosso raggiunge in un brevissimo lasso di tempo il piano in cui tengono prigioniero il padrone dell’azienda e incontra per la prima volta il capo del Team Rocket, Giovanni. Inizia repentinamente la sfida tra Rosso e Giovanni, ma, nonostante l’aiuto del Charizard appena evolutosi da Charmeleon, l’allenatore viene brutalmente sconfitto lasciando sfuggire il capo. Nonostante la sconfitta, Rosso non perde la motivazione e riesce a sconfiggere anche la Capopalestra Sabrina e, arrivato all’Isola Cannella, ottiene anche la medaglia del bizzarro Capopalestra Blaine. Il ragazzo ha quindi conquistato sette medaglie e, per completare la sua raccolta, manca solo quella della città di Smeraldopoli. Sentendo delle voci riguardo il ritorno del Capopalestra, Rosso si dirige verso la città e viene a conoscenza che, a detenere il titolo di Allenatore più forte della Palestra, è Giovanni, il capo del Team Rocket. Dopo un’incandescente battaglia, Rosso riesce a far riaffiorare in Giovanni i sentimenti che provava prima di entrare nel Team Rocket e porta il Capopalestra alla sconfitta. Giovanni decide di sciogliere il Team Rocket e Rosso riceve la medaglia non dal Capo del gruppo di malviventi, ma, per la prima volta, dal Capopalestra di Smeraldopoli.
