Come in ogni gioco, anche in Pokémon Rubino e Pokémon Zaffiro vi sono Pokémon ottenibili soltanto in una delle due versioni. Per completare il Pokédex sarà necessario effettuare scambi da un gioco all’altro.
- Pokémon eslcusivi di Pokémon Rubino
| #N | Sprite | Pokémon | Tipo/i |
|---|---|---|---|
| #273 |  |
Seedot |  |
| #274 |  |
Nuzleaf |  |
| #275 |  |
Shiftry | |
| #303 |  |
Mawile |  |
| #335 |  |
Zangoose |  |
| #338 |  |
Solrock |   |
| #383 |  |
Groudon |  |
- Pokémon esclusivi di Pokémon Zaffiro
| #N | Sprite | Pokémon | Tipo/i |
|---|---|---|---|
| #270 |  |
Lotad |  |
| #271 |  |
Lombre | |
| #272 |  |
Ludicolo | |
| #302 |  |
Sableye |  |
| #336 |  |
Seviper |  |
| #337 |  |
Luantone | |
| #382 |  |
Kyogre | |