Pokémon Mystery Dungeon Squadra Rossa e Squadra Blu sono i primi giochi in cui il giocatore non controllerà un essere umano, ma un Pokémon.
La scelta del Pokémon non sarà semplice come il classico “Sei un ragazzo o una ragazza?” o l’ancora più semplice scelta dei tre Pokémon Iniziali, bisognerà infatti rispondere a una serie di domande, in base alla quale verrà analizzata la propria personalità.
Ovviamente la domanda che chiede se si è maschi o femmina non può mancare, infatti una volta finite tutte le domande normali, verrà chiesta questa, per determinare che Pokémon diventerà il giocatore.
Anche se all’apparenza una domanda inutile, in realtà non lo è. Per ogni natura infatti, corrispondono solitamente due Pokémon, uno in caso di scelta maschile e uno in caso di scelta femminile. Altri infine sono esclusivi solo di un sesso.
Ecco quindi quali Pokémon sono disponibili. Quando un Pokémon non è disponibile per quel sesso vi sarà la scritta ND, ovvero appunto non disponibile.
| Pokémon | Tipo | Personalità (♂) | Personalità (♀) | Abilità |
|---|---|---|---|---|
 Bulbasaur |
 |
Docile | Calma | Erbaiuto |
 Charmander |
 |
Ardita | Audace | Aiutofuoco |
 Squirtle |
 |
Allegra | Placida | Acquaiuto |
 Pikachu |
 |
Scaltra | Ardita | Statico |
 Meowth |
 |
Furba | ND | Raccolta |
 Psyduck |
|
Placida | Schiva | Umidità e Antimeteo |
 Machop |
 |
Audace | ND | Dentistretti |
 Cubone |
 |
Schiva | Scaltra | Testadura e Parafulmine |
 Eevee |
|
ND | Ingenua | Adattabilità |
 Chikorita |
|
ND | Docile | Erbaiuto |
 Cyndaquil |
|
Timida | ND | Aiutofuoco |
 Totodile |
|
Ingenua | Allegra | Acquaiuto |
 Treecko |
|
Vivace | Furba | Erbaiuto |
 Torchic |
|
Lesta | Vivace | Aiutofuoco |
 Mudkip |
|
Calma | Timida | Acquaiuto |
 Skitty |
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ND | Lesta | Incantevole |