In Pokémon Picross una particolare meccanica di gioco interessa tutti i Pokémon misteriosi ad eccezione di Mew (sbloccato mediante Password), di Phione (assente nello spin-off della Jupiter Corporation) e di MegaDiancie che, come tutte le megaevoluzioni, è disponibile dal momento in cui il Pokémon corrispondente è stato catturato.
I leggendari non citati appaiono regolarmente per un breve periodo di tempo.
Ogni volta che si verifica un simile evento, la Professoressa Quadri avverte il giocatore e un punto esclamativo in un fumetto rosso aiuta ad individuare la zona interessata, anche quando lontana o non ancora visitata:

Un conto alla rovescia indica i minuti rimasti prima che lo schema scompaia.
Non ci sono limiti ai tentativi che un giocatore può fare nel breve tempo concesso e non ci si deve affrettare per completare lo schema prima che il conto si azzeri poiché non vi sarà alcuna interruzione, nemmeno iniziando a giocare all’ultimo secondo disponibile.
In caso di cattura, il conto alla rovescia scomparirà, lo schema diverrà fisso e potrà esser risolto in qualunque momento come tutti gli altri.
Contrariamente, è lo schema a scomparire, per ripresentarsi ogni volta che saranno trascorse le ore indicate nella tabella sottostante:
| Pokémon | Zona | Attesa | Durata |
|---|---|---|---|
| Celebi |
04 | 20h | 1h |
| Jirachi |
07 | 20h | 1h |
| Deoxys |
16 | 36h | 1h |
Manaphy![]() |
02 | 20h | 1h |
| Darkrai |
18 | 36h | 1h |
| Shaymin Forma Cielo |
09 | 36h | 1h |
| Arceus |
30 | 48h | 30m |
| Victini |
24 | 36h | 1h |
| Keldeo Forma risoluta |
11 | 36h | 1h |
| Meloetta |
21 | 36h | 1h |
| Genesect |
26 | 44h | 15m |
| Diancie |
27 | 40h | 45m |
| Hoopa Vincolato |
08 | 36h | 1h |
| Hoopa Libero |
29 | 40h | 45m |
