In Pokémon Mistery Dungeon: Esploratori del Cielo è possibile ricevere come Pokémon iniziale o scegliere come compagno uno tra i Pokémon presenti in questa lista. Ricordiamo che, a quelli già presenti nei capitoli precedenti, sono stati aggiunti quattro nuovi Pokémon: Phanpy, Vulpix, Riolu e Shinx. Ribadiamo, inoltre, che Munchlax e Meowth non saranno più giocabili come personaggi principali. Naturalmente non potrete scegliere un compagno che sia dello stesso tipo del vostro Pokémon iniziale (esempio: se avete Chimchar, non potrete scegliere come compagno Charmander, Cyndaquil o Torchic).
| Pokémon | Tipo/i | Personalità (♂) | Personalità (♀) | Abilità | Caratteristiche |
|---|---|---|---|---|---|
 Bulbasaur |
  |
Schiva | Docile | Erbaiuto | / |
 Charmander |
 |
Docile | Audace | Aiutofuoco | / |
 Squirtle |
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Furba | Sicura | Acquaiuto | / |
 Pikachu |
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Audace | Lesta | Statico | / |
 Vulpix |
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Placida | Fuocardore | Incontrabile solo Femmina | |
 Meowth |
 |
Vivace | Placida | Raccolta | Selezionabile solo come partner |
 Eevee |
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Allegra | Adattabilità | Incontrabile solo Femmina | |
 Chikorita |
|
Calma | Quieta | Erbaiuto | / |
 Cyndaquil |
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Timida | Calma | Aiutofuoco | / |
 Totodile |
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Allegra | Vivace | Acquaiuto | / |
 Phanpy |
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Placida | Raccolta | Incontrabile solo Maschio | |
 Treecko |
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Quieta | Ardita | Erbaiuto | / |
 Torchic |
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Ardita | Ardente | Aiutofuoco | / |
 Mudkip |
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Ardente | Schiva | Acquaiuto | / |
 Skitty |
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Ingenua | Incantevole | / | |
 Turtwig |
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Sicura | Timida | Erbaiuto | / |
 Chimchar |
|
Ingenua | Scaltra | Aiutofuoco | / |
 Piplup |
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Scaltra | Furba | Acquaiuto | / |
 Shinx |
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Lesta | Antagonismo e Prepotenza | Incontrabile solo Maschio | |
 Munchlax |
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Placida | Allegra | Raccolta e Grassospesso | Selezionabile solo come partner |
 Riolu |
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Vivace | Cuordeciso o Fuocodentro | Incontrabile solo Maschio |