Questa è la lista dei Dungeon presenti in Pokémon Mystery Dungeon: Esploratori del Cielo con il relativo numero di piani da esplorare. La quasi totalità dei Dungeon sono gli stessi presenti di Pokémon Mystery Dungeon: Esploratori del Tempo e dell’Oscurità, tranne gli ultimi che sono completamente nuovi.
| Nome | Piani |
|---|---|
| Grotta Marina | 4 |
| Riva Paludosa | 6 |
| Monte Crespo | 9 |
| Grotta della Cascata | 8 |
| Giardino dei Meli | 12 |
| Dirupo Costiero | 9 |
| Monte Aguzzo | 14 |
| Foresta Bruma | 11 |
| Grotta del Vapore | 8 |
| Pianure Saetta | 10 |
| Deserto del Nord | 15 |
| Grotta delle Sabbie Mobili | 10 |
| Grotta di Cristallo | 11 |
| Bivio di Cristallo | 13 |
| Grotta dello Spazio | 8 |
| Colle Oscuro | 15 |
| Rovine Inviolabili | 8 |
| Foresta Oscura | 8 |
| Selva Oscura | 12 |
| Foresta Arcana | 20 |
| Grotta Salmastra | 9 |
| Terra Nascosta | 15 |
| Torre del Tempo | 13 |
| Foresta Inganno | 13 |
| Isola Tormenta | 20 |
| Grotta dell’Abisso | 10 |
| Mar Cinto | 20, in fondo si trova un uovo di Manaphy |
| Mar dei Miracoli | 18 |
| Grotta Egida | 5, in fondo si trova Regigigas con altri Pokémon di tipo Lotta bisogna avere le pietre Unown corrispondenti alle scritte sulle pietre. |
| Monte Odissea | 19 |
| L’incubo | 17 |
| Valle Dimensionale | 15 |
| Cratere Oscuro | 15 |
| Rovine Nascoste | 30 |
| Riserva Marina | 19 |
| Mar Voragine | 49, in fondo si trova Kyogre |
| Deserto Folgore | 9, in fondo si trova Groudon |
| Monte Valanga | 19, in cima si trova Articuno |
| Vulcano Gigante | 19, in cima si trova Heatran |
| Abisso del Mondo | 29, in fondo si trova Giratina |
| Scala del Cielo | 49, in cima si trova Rayquaza |
| Giungla del Mistero | 29, in fondo si trova Mew |
| Fiume Serenità | 8 |
| Grotta Slavina | 13 |
| Piane Rigogliose | 6 |
| Praticello | 5 |
| Grotta Labirinto | 10 |
| Foresta d’Aranci | 5 |
| Lago Lontano | 25 |
| Promontorio Sereno | 20 |
| Monte Mistral | 20 |
| Collina Folgore | 18 |
| Landa Perduta | 18 |
| Foresta Mezzanotte | 25 |
| Isola Zero Nord | 75 |
| Isola Zero Est | 40 |
| Isola Zero Ovest | 40 |
| Isola Zero Sud | 99 |
| Villaggio Shaymin | 38 (distribuiti su più bivacchi) |
| Caverna Stellata | 15 |
| Foresta Oblio | 15, rango Master grado 1 |
| Acque Traditrici | 20, rango Master grado 2 |
| Isole Sudorientali | 20, rango Master grado 3 |
| Grotta Infuocata | 30, rango di Capitano |
| Isola Zero Centrale | 50 |
| Torre Destino | 99 |
| Dedalo Finale | 48 |