Rispetto al suo predecessore Pokémon Card GB2: Here Comes Team GR! presenta alcune caratteristiche innovative:
Mint, la protagonista di sesso femminile
- Possibilità di selezionare Mark, protagonista dello scorso gioco, o Mint, nuova protagonista di sesso femminile
- Gli sprite degli Allenatori cambiano espressione a seconda della loro vittoria o sconfitta
- Le Master Medals sono state rimpiazzate dalle monete del GCC, utilizzabili anche nei duelli
- Molti club hanno ricevuto un rinnovamento del design
- Una nuova area esplorabile (GR Island) è stata aggiunta
