Il Laboratorio del Prof. Oak, uno dei luoghi chiave in Pokémon Stadium, presenta numerose funzioni utili al giocatore.
PC
Il PC del Laboratorio permette di spostare Pokémon tra i Box di Pokémon Rosso, Verde, Blu o Giallo e quelli di Pokémon Stadium. Qui è possibile anche verificare le caratteristiche dei singoli mostriciattoli ed eventualmente liberarli. Il PC vanta 12 Box in cui depositare sia i Pokémon sia gli Strumenti che vengono loro assegnati.
Scambia Pokémon
Una delle apparecchiature del Laboratorio consente di trasferire Pokémon fra due cartucce mediante il Transfer Pak (una periferica per console Nintendo 64), evitando quindi di usare il Cavo Game Link. I Pokémon sottoposti a tale processo hanno anche la possibilità di evolvere tramite scambio.
Cambia gioco
Cambia Gioco dà la possibilità di scegliere quale videogioco usare nel Laboratorio e di effettuare scambi fra Box di cartucce diverse.
Pokédex
La funzione Pokédex permette di controllare sprite 3D, informazioni, locazioni ed ipotetici livelli dei Pokémon registrati nel proprio Pokédex. Il giocatore può inoltre sovrapporre la mappa dei videogiochi di prima generazione a quella di Pokémon Stadium.
Ricevi premi
Quando il giocatore sconfigge una Rocca Capopalestra, il Professor Oak gli dona un mostriciattolo casuale fra Bulbasaur, Charmander, Squirtle, Hitmonlee, Hitmonchan, Eevee, Omanyte e Kabuto che può esser trasferito ai videogiochi Pokémon di prima generazione.