Nella versione giapponese di Pokémon Blu, così come nelle altre versioni del gioco di prima generazione, non è possibile ottenere tutti i Pokémon necessari al completamento del Pokédex.
La versione Blu nipponica è differente da quella distribuita nel resto del mondo, infatti in quest’ultima è possibile trovare gli stessi Pokémon presenti in Pokémon Verde.
Di seguito è presente una lista dei Pokémon non ottenibili nella versione giapponese di Pokémon Blu; la restante parte è ottenibile tramite scambio dagli altri giochi di prima generazione, ovvero Pokémon Rosso, Verde, Giallo e la versione non nipponica di Pokémon Blu.
| #N | Pokémon |
|---|---|
| #023 |  Ekans |
| #024 |  Arbok |
| #037 |  Vulpix |
| #038 |  Ninetales |
| #056 |  Mankey |
| #057 |  Primeape |
| #069 |  Bellsprout |
| #070 |  Weepinbell |
| #071 |  Victreebel |
| #125 |  Electabuzz |